Holywings sempat terseret kasus kontroversial. Di pertengahan tahun 2021, Pemprov DKI Jakarta menutup semua cabang Holywings di Jakarta. Gubernur DKI Jakarta, Anies Baswedan, menghentikan operasi 12 cabang Holywings di Jakarta lantaran tersangkut masalah perizinan usaha. Bahkan ada juga yang tidak disegel, namun perusahaan menutupnya sendiri, seperti outlet Holywings di Pondok Indah.